Staden Ystad köpte in den förfallna klosterlängan år 1875 och beslutade att riva den. Detta genomfördes aldrig. Stadsfullmäktige tog ett nytt rivningsbeslut i början av 1900-talet, men tack vare ett nyvaknat intresse för att bevara viktiga byggnader i Ystad räddades klostret och började renoveras 1908. Det var privatpersoner, staten och staden Ystad som finansierade detta. Ystads Fornminnesförening, numera YF – Ystads kulturhistoriska förening, hade bildats ett år tidigare med samma önskan att bevara det gamla Ystad för kommande generationer. Fornminnesföreningens första kulturhistoriska räddningsaktion blev att flytta delar av Borgmästarhuset till en plats nära klostret. Det fanns planer på att göra ett ”mini-Skansen” här.

År 1912 kunde så klostret återinvigas, nu som museum och bibliotek. Fornminnesföreningen fick tillgång till flera lokaler i huset och kunde där ställa ut delar av sin samling. Flera av dem som satt med i Fornminnesföreningens första styrelse var också med i Klosterstyrelsen, som tog över ansvaret för klostret efter renoveringen. Även om föreningen inte var involverad i renoveringen, har den genom åren stöttat Klosterstyrelsen i arbetet med klostret. År 1964 bildades Kulturnämnden som därefter tog över museiverksamheten.

YF – Ystads kulturhistoriska förening och Klostret i Ystad står varandra fortfarande nära och föreningens samlingar ligger till grund för många utställningar och visningar på Klostret i Ystad.